本番環境では普通に JNDI のプーリングが効いて、接続数過多のエラーはまずは発生しないですが、NetBeansの開発環境で JNDI　が使えないので (管理人が知らないだけなのかも)、MyBatis の設定は、MyBatis のPOOL を使ってます。

    <environment id="?????">
      <transactionManager type="JDBC"/>
      <dataSource type="POOLED">
        <property name="driver" value="${msdriver}"/>
        <property name="url" value="${msurl}"/>
        <property name="username" value="${msusername}"/>
        <property name="password" value="${mspassword}"/>
        
        <!-- maybe not affect --> 
        <property name="poolMaximumActiveConnections" value="1000" /> 
        <property name="poolMaximumIdleConnections" value="1000" />
        <!--<property name="maxActive" value="300" />-->
        <!--<property name="maxWait" value="5000" />-->
              
      </dataSource>
    </environment>

正常にプーリングが効くはずなんですが、よく MySQL の JDBC が Too many connections でエラーを起こします。

Caused by: com.mysql.jdbc.exceptions.jdbc4.MySQLNonTransientConnectionException: Data source rejected establishment of connection,  message from server: "Too many connections"
	at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance0(Native Method)
	at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance(NativeConstructorAccessorImpl.java:62)
	at sun.reflect.DelegatingConstructorAccessorImpl.newInstance(DelegatingConstructorAccessorImpl.java:45)
	at java.lang.reflect.Constructor.newInstance(Constructor.java:422)
	at com.mysql.jdbc.Util.handleNewInstance(Util.java:411)
	at com.mysql.jdbc.Util.getInstance(Util.java:386)
	at com.mysql.jdbc.SQLError.createSQLException(SQLError.java:1014)
	at com.mysql.jdbc.SQLError.createSQLException(SQLError.java:988)
	at com.mysql.jdbc.SQLError.createSQLException(SQLError.java:974)
	at com.mysql.jdbc.MysqlIO.doHandshake(MysqlIO.java:1110)
	at com.mysql.jdbc.ConnectionImpl.coreConnect(ConnectionImpl.java:2465)
	at com.mysql.jdbc.ConnectionImpl.connectWithRetries(ConnectionImpl.java:2306)
	... 55 more

MySQL の my.ini (Windowsなので) の最大 300 にしていたのを、試しに 1000 に変更して、エラーの発生する処理 (連続1200レコードほどの INSERT) を行ったところ、

何故か、エラーなしに正常に処理が完了出来ました。

# The maximum amount of concurrent sessions the MySQL server will
# allow. One of these connections will be reserved for a user with
# SUPER privileges to allow the administrator to login even if the
# connection limit has been reached.
max_connections=1000

処理中、プロセス数を確認してみると、500位まで接続数が上昇し続け、アイドルなのが捨てられ、1桁に減りました。
MyBatis の問題か、connecter/J の問題かはわかりませんが、長年の？？が解消しました。