何使ってもよく、好みに左右されると思いますが、

HeidiSQL  と MySQL WorkBench をお勧めします。

HeidiSQLの便利なところ

1. テーブル定義で列のコピーペーストが出来て、他のテーブルで使える
2. インデックス設定の列追加で、ドラッグドロップが使える
3. 履歴が使いやすく、他に保存する必要なくなる

HeidiSQLの不便なところ

1. ビューが1行で表示されてしまう

MySQL WorkBenchの便利なところ

1. EXPLAINがビジュアル

1. ビューが整形されて表示される

MySQL WorkBenchの不便なところ

1. 日本語化されてない